koronavirusi (lat. corona: vijenac, kruna < grč. ϰορώνη: zakrivljeni ili zaobljeni kraj nečega, prsten + virus), skupina virusa iz porodice Coronaviridae. Virusna čestica kuglasta je oblika promjera 120 do 160 nm, a šiljasti transmembranski glikoproteinski izdanci na ovojnici duljine 12 do 24 nm daju joj izgled krune. Genom čini jednolančana pozitivna RNA sastavljena od 26 do 32 tisuće nukleotida, što koronaviruse svrstava među RNA viruse s najvećim genomom. Virusna čestica sastoji se od četiri do šest strukturnih polipeptida, a među njima su četiri virusna proteina: protein šiljastih izdanaka, tzv. protein šiljka (engl. spike protein, S-protein), nukleokapsidni protein (N), protein membrane (M) i protein ovojnice (E). Virus ulazi u citoplazmu stanice domaćina fuzijom virusne ovojnice i citoplazmatske membrane, posredovanjem S-proteina. Neki ljudski koronavirusi uzrokuju blage bolesti gornjega dišnog te probavnog sustava čovjeka, pa je koronavirus prvi put izoliran 1965. u respiratornom sekretu ljudi oboljelih od prehlade. Zoonotski koronavirusi (uzročnici zoonoza), potječu od životinja, a mogu se prenijeti na ljude i u njih prouzročiti zarazne bolesti. Pojavili su se u tri navrata u posljednjih 17 godina; SARS-CoV prouzročio je 2003. teški akutni respiratorni sindrom (SARS), sa smrtnošću od približno 10%, MERS-CoV 2012. bio je uzročnikom bliskoistočnoga respiratornog sindroma (MERS, engl. Middle East Respiratory Syndrome), sa smrtnošću od približno 37%, a 2019. SARS-CoV-2 (koji kao i SARS-CoV pripada rodu betakoronavirusa) uzrokovao je pojavu COVID-19 bolesti. Ti visokopatogeni virusi uzrokuju jak respiratorni sindrom, mogu izazvati ozbiljne upale donjega dijela dišnog sustava (pneumoniju i bronhiolitis) te u određenom postotku slučajeva dovesti i do smrti. Zoonotski potencijal koronavirusa određen je učinkovitošću vezanja virusnih čestica na ljudske stanične receptore. SARS-CoV i SARS-CoV-2 na staničnoj membrani učinkovito prepoznaju angiotenzin-konvertirajući enzim 2 (→ renin), dok MERS-CoV prepoznaje enzim dipeptidil-peptidazu 4 (→ peptidaze).
Varijante SARS-CoV-2
Nove varijante virusa nastaju mutacijama virusnih genoma, što je posljedica prilagodbe virusa na okolinu (→ mutacije). Do širenja i opstanka određene varijante dolazi ako ona ima određeno selektivno svojstvo koje je povoljnije za virus. Varijante SARS-CoV-2 virusa imaju višestruke mutacije na različitim mjestima u genomu, a osobito su značajne one na receptor-vezujućoj domeni (engl. receptor binding domain) S-proteina, gdje se određena aminokiselina zamjenjuje drugom ili dolazi do delecije (uklanjanja) jedne ili više aminokiselina.
U svibnju 2021. Svjetska zdravstvena organizacija donijela je odluku prema kojoj će se varijante koronavirusa označavati slovima grčkog alfabeta prema redoslijedu otkrivanja. Varijante koje su javnosti dotad bile poznate kao britanska, južnoafrička, brazilska i indijska nazvane su tako alfa, beta, gama, delta te su grupirane u tzv. varijante od značaja (engl. Variants of Concern). Riječ je o varijantama SARS-CoV-2 virusa koje mogu imati povećanu virulentnost, učinkovitost u prijenosu bolesti, ili pojačano izbjegavanje neutralizacije protutijelima, odnosno onima koje imaju značajan utjecaj na promjenu kliničke ili epidemiološke slike bolesti, ili smanjenje učinkovitosti dostupnih cjepiva. Drugu skupinu čine varijante od interesa (engl. Variants of Interest), kod kojih promjene u genomu utječu na određene karakteristike virusa, npr. učinkovitost u prijenosu bolesti, virulentnost, mogućnost neutralizacije protutijelima, ili koje mogu smanjiti učinkovitost dostupne dijagnostike i lijekova te tako utjecati na širenje virusa ili na epidemiološku sliku. Potkraj studenoga 2021. u Južnoafričkoj Republici, a ubrzo i u drugim državama svijeta, otkrivena je varijanta omikron, koja je grupirana u varijante od značaja. Riječ je o varijanti koja je imala dvostruko više mutacija od varijante delta, pa je stoga izazivala zabrinutost zbog moguće povećane virulentnosti ili utjecaja na težinu kliničke slike bolesti COVID-19. Od veljače 2022. varijanta omikron činila je više od 98% javno dostupnih sekvenci virusa SARS-CoV-2. SZO kontinuirano prati određene podvarijante soja omikron, te ih od sredine ožujka 2023. neovisno klasificira. Slova grčkog alfabeta ubuduće će se dodjeljivati samo za varijante od značaja. Stoga se alfa, beta, gama, delta kao i izvorna varijanta omikron (B.1.1.529) smatraju varijantama od značaja što su prethodno cirkulirale, a podvarijantu omikrona XBB.1.5 (tzv. Kraken), pretežito prisutnu u Europi u prvoj polovici 2023., SZO je ubrojio u varijantu od interesa. Postoje još i varijante pod nadzorom (engl. Variants under Monitoring) s promjenama u genomu za koje se sumnja da nose povećan rizik od bolesti, odnosno koje bi mogle negativno utjecati na epidemiološku sliku.
