Vatikanski muzeji (talijanski Musei Vaticani [muzɛ'i vatika:'ni]), kompleks umjetničkih i kulturno-povijesnih muzeja u Vatikanu, koji se nalazi u sklopu zgrada Apostolske palače; muzejska institucija koja sadrži iznimno vrijednu papinsku zbirku umjetnina, koje se jezgra sastoji od artefakata pronađenih u rimskim katakombama ili prenesenih iz rimskih crkava te od prvih arheoloških otkrića u Rimu za pape Julija II., koji ju je osnovao 1506. Najveći dio zbirke nastao je u XVIII. st. pod utjecajem prosvjetiteljskog zanimanja za arheologiju i muzeologiju, a za javnost ju je otvorio papa Klement XIV. 1771.
Kolekcija, iznimno važna za povijest stare i novije umjetnosti, izložena je u desetak muzeja, od kojih se ističu muzeji s antičkim umjetninama Pio-Clementino (osnovali u XVIII. st. pape Klement XIV. i Pio VI.) i Chiaramonti (osnovao početkom XIX. st. Pio VII. Chiaramonti) s kiparskim remek-djelima i drugim artefaktima (Laokoont sa sinovima, Usnula Arijadna, Venera Knidska, Belvederski torzo, August iz Prima Porte, sarkofazi sv. Jelene i Konstantine), Gregoriano Etrusco (osnovao 1836. papa Grgur XVI.) s vrijednim etrurskim umjetninama i Gregoriano Egizio (osnovao 1839. papa Grgur XVI.) sa zbirkom staroegipatskih predmeta (papirusi, mumije, hijeroglifski natpisi, replika Knjige mrtvih) te Pinakoteka (osnovao 1797. Pio VI.; Pio XI. dao izgraditi današnju muzejsku zgradu, 1936., arhitekt Luca Beltrami), u kojoj je pohranjena kolekcija talijanskog i europskoga slikarstva (Giotto, Simone Martini, Bellini, Tizian, Perugino, Rafael, Pietro da Cortona, Caravaggio, Leonardo, Poussin) te ruskoga i bizantskoga.
U kompleksu se nalazi i etnološki muzej Museo missionario-etnologico (osnovao 1926. Pio XI.), Collezione d’Arte Religiosa Moderna (otvoren 1973), muzej moderne umjetnosti s djelima sakralne tematike međunarodnih umjetnika (Rodin, Van Gogh, Gauguin, Kandinski, Chagall, Klee, Max Beckmann, Otto Dix, Giorgio de Chirico, Kokoschka, Giacomo Balla, Francis Bacon, Dalí, Picasso), muzej filatelije i numizmatike (Museo Filatelico e Numismatico, osnovan 2007), Musei della Biblioteca Apostolica Vaticana, u kojima su izloženi artefakti iz Vatikanske knjižnice i dr.
Muzeji su povezani s Apartmanom Borgia Pinturicchijevim freskama (1492–94., naručio papa Aleksandar VI.), Rafaelovim sobama (razgovorno i Rafaelove stanze, talijanski Stanze di Raffaello), četirima odajama koje su po nalogu pape Julija II. vrhunski oslikali Rafael i suradnici 1508–24. freskama povijesne, mitološke, alegorijske i biblijske tematike (Disputa o sakramentu, Parnas, Atenska škola, Poezija, Filozofija; Izgon Heliodora iz hrama, Misa u Bolseni, Oslobođenje sv. Petra, Sveti Lav Veliki zaustavlja Atilu; Požar u Borgu), te Sikstinskom kapelom (razgovorno i Sikstina, talijanski Cappella Sistina), svojevrsnom pinakotekom talijanskoga renesansnog slikarstva XV. i XVI. st. Njezino oslikavanje freskama započelo je 1481 (po nalogu Siksta IV.) paralelnim prizorima iz Staroga i Novoga zavjeta, znamenitim prikazima Mojsijeva i Kristova života na sučeljenim zidovima, koje je naslikalo nekoliko majstora (Botticelli, Cosimo Roselli, Ghirlandaio, Perugino i Luca Signorelli). Na njih se nadovezao Michelangelo oslikavši na svodu složenu kompoziciju (1508–12., narudžba pape Julija II.) sa starozavjetnim prizorima iz Knjige postanka (među njima i antologijsko Stvaranje čovjeka), te 23 godine kasnije oltarnu fresku na zapadnome zidu kapele s prikazom Posljednjega suda (1535–41., na zahtjev pape Pavla III.), u kojem je među stotinama likova naslikao i svoj izobličen autoportret skriven u oguljenoj koži u ruci sv. Bartolomeja. Oba Michelangelova djela pripadaju među najveća postignuća zapadnoga slikarstva.
Zbog svoje iznimno velike i vrijedne zbirke te podjednako iznimnoga prostora u kojem se ona nalazi, Vatikanski muzeji su među najposjećenijim muzejima u svijetu.
