Muzeji Hrvatskoga zagorja, složena baštinska ustanova osnovana 1992. U njezinu je sastavu pet muzejskih institucija smještenih na više lokacija u Hrvatskome zagorju: Dvor Veliki Tabor kraj Desinića, Galerija Antuna Augustinčića u Klanjcu, Muzej seljačkih buna u Gornjoj Stubici, Muzej »Staro selo« Kumrovec i Muzej krapinskih neandertalaca u Krapini.
Dvor Veliki Tabor, muzej smješten u dvorcu nedaleko od Desinića (Košnički Hum 1), jednom od najbolje sačuvanih kasnosrednjovjekovnih i renesansnih utvrđenih gradova kontinentalne Hrvatske. Gradila ga je plemićka obitelj Rattkay tijekom XVI. st., a ostao je u njihovu posjedu sve do 1793. Najstariji dio kompleksa je središnja utvrda koja je imala stambenu i obrambenu funkciju. Kasnije u XVI. st. izgrađene su i četiri polukružne kule. Među vlasnicima ističe se hrvatski slikar Oton Iveković. Od 1985. ondje je djelovao Zavičajni muzej općine Pregrada, a 1992. uredbom Vlade RH ušao je u sastav Muzeja Hrvatskoga zagorja; od 2004. se na njemu odvijaju opsežni restauratorsko-konzervatorski i građevinski radovi. U Dvoru se nalaze arheološka, etnografska, kulturno-povijesna, likovna i paleontološko-geološka zbirka te Arheološka zbirka – Vrbovec i Zbirka obitelji baruna Kavanagha. Ondje se često održavaju kulturne manifestacije poput Tabor film festivala te tradicionalne turističke priredbe.
Muzej seljačkih buna, specijalizirani povijesni muzej u Gornjoj Stubici, osnovan u povodu obilježavanja 400. godišnjice velike Seljačke bune iz 1573. Smješten je u Gornjoj Stubici, u baroknom dvorcu obitelji Oršić iz XVIII. st. (Samci 64), koji je na mjestu srednjovjekovne utvrde 1756. dao sagraditi Krsto Oršić. U dvorcu je sačuvana kapela s iluzionističkim freskama i oslikani barokni oltar sv. Franje Ksaverskoga, koji se svrstavaju u sam vrh baroknoga slikarstva, a pripisuju se Antonu Lerchingeru. Posljednji Oršići napustili su dvorac 1924. Potkraj 1960-ih dvorac se počeo obnavljati i u njega je 1973. smješten muzej. Uokolo dvorca oblikovan je parterni dekorativni vrt, a okolni je prostor pejzažni perivoj s domaćim i egzotičnim biljnim vrstama, u kojem je smješten i Spomenik seljačkoj buni i Matiji Gupcu (rad Antuna Augustinčića). U kapeli dvorca i nekadašnjoj sakristiji postavljena je stalna izložba sakralne umjetnosti Hrvatskoga zagorja. Novi stalni postav otvoren je 2002. te osim Seljačke bune 1573. prikazuje razvoj feudalizma u sjeverozapadnoj Hrvatskoj. Muzej prikuplja građu vezanu uz seljačke bune, život plemića i seljaka te predmete iz kulturne, povijesne i umjetničke baštine Hrvatskoga zagorja. Muzejska građa svrstana je u nekoliko zbirki: kulturno-povijesna, likovna, etnografska, arheološka, zbirke zagorskoga suvenira, razglednica i fotografija, oružja te zbirka Viktorije Oršić, a ondje su pohranjeni i arheološki nalazi sa staroga grada Konjšćine. Od 1978. Muzej organizira Trijenale zagorskoga suvenira; u ljetnim mjesecima održavaju se glazbeno-scenski festival Ljeto u dvorcu Oršić i Viteški turnir, a u zimskima se obilježava obljetnica Seljačke bune. Od 1993. Muzej djeluje u sastavu Muzeja Hrvatskoga zagorja.
