Hrvatski prirodoslovni muzej, najveći prirodoslovni muzej u Hrvatskoj, jedan od sljednika Narodnoga muzeja u Zagrebu; osnovan 1986. Kada je 1878. Narodni muzej potpao izravno pod upravu Zemaljske vlade, mineraloške, paleontološke i zoološke zbirke bile su temeljem posebnih Odjela Narodnoga muzeja, koji su prerasli u samostalne ustanove, a botaničke su zbirke bile predane Botaničko-fiziologijskomu zavodu Sveučilišta. Prvi pristav a poslije i direktor Naravoslovnog odjela bio je S. Brusina. U muzeju su tada uz Brusinu nakon Gj. Pilara radili poznati prirodoslovci D. Gorjanović-Kramberger i M. Kišpatić. Svi su oni bili istodobno i sveučilišni profesori, pa su muzejske zbirke bile usko povezane sa Sveučilištem. Nakon II. svj. rata, od 1952. do 1959. u sastavu Hrvatskoga narodnoga zoološkog muzeja bio je i Ornitološki zavod. Do 1986. postojali su Mineraloško-petrografski muzej, Geološko-paleontološki muzej i Hrvatski narodni zoološki muzej. Od te tri ustanove nastao je današnji Hrvatski prirodoslovni muzej, koji je 1987. proširen Botaničkim odjelom te pedagoškom jedinicom.
Muzej danas posjeduje vrijedne zbirke, u kojima je pohranjeno više od dva milijuna predmeta. Najglasovitije su zbirke geološko-paleontološkog odjela zbirka ostataka kostiju i kulture krapinskih neandertalaca te zbirka holotipova. Bogati paleontološki materijal sadrži fosilne mekušce, ribe i pleistocenske sisavce. U mineraloško-petrografskim zbirkama predstavljeni su minerali iz cijeloga svijeta, svi tipovi stijena iz Hrvatske i meteoriti koji su pali na ovom području. Botaničke zbirke čine herbarij višeg bilja, koji obuhvaća uglavnom floru Žumberka i Medvednice te dio flore Risnjaka, Velebita i nekih jadranskih otoka, te herbarij I. Trinajstića, otkupljen 2004., koji sadrži biljni materijal iz gotovo cijele Europe, Male Azije i dijela Srednje Amerike. Od zooloških zbirki bogate su zbirke mekušaca, među kojima su najbrojniji kopneni puževi, te zbirke kukaca, među kojima se ističe zbirka leptira Z. Lorkovića. U muzeju je pohranjena i vrijedna biospeleološka zbirka. Ornitološka zbirka hrvatskih ptica gotovo je cjelovita, a postoji i zbirka endemičnih riba dinarskoga krša. Uz klasične muzejske zbirke 2005. osniva se i zbirka tkiva za DNK analize, važna za očuvanje ugroženih endemičnih i reliktnih vrsta hrvatske faune. U sastavu muzeja je i knjižnica (utemeljena 1868) s bogatim knjižnim fondom; najstarija i najvrednija građa knjižnice potječe iz XVII. i XVIII. st.
Muzej održava vezu sa Sveučilištem i znanošću angažiranjem svojih kustosa u nastavi te u znanstvenim projektima. Važan je prilog muzeja na izgradnji učinkovitije zakonske regulative zaštite prirode i na podizanju opće kulture prepoznavanja prirodoslovnih vrijednosti. God. 1992. osnovano je muzejsko glasilo Natura Croatica, koje je postalo priznati međunarodni znanstveni časopis. Objavljuje radove s područja biologije i geologije te radove utemeljene na proučavanju prirodoslovnih muzejskih zbirki.
