endemi (grč. ἔνδημος: domaći; unutrašnji), biljne ili životinjske svojte (podvrste, vrste, rodovi, porodice) koje imaju mali areal, suprotno kozmopolitima raširenima na svim ili na većini kontinenata. Po veličini areala razlikuju se endemi u širem smislu (europski, afrički i dr.) i lokalni ili stenoendemi, ograničeni na uže područje, planinu, otok, jezero ili pojedini lokalitet. Po nastanku, endemi su reliktni (stari ili paleoendemi) i progresivni (mladi ili neoendemi). Reliktni su endemi u geološkoj prošlosti imali znatno veći areal, koji je do danas smanjen postupnim izumiranjem svojte. Takvi su npr. Ginkgo biloba i Metasequoia glyptostroboides iz Kine (»živi fosil«, jer je najprije nađena fosilna u Japanu), Sequoiadendron giganteum i Taxodium distichum iz Sjev. Amerike. Te su biljke u tercijaru bile proširene po golemim šumskim područjima sjeverne hemisfere i dale osnovu za kameni ugljen toga razdoblja. Progresivni ili mladi endemi svojte su koje su danas u punom filogenetskom razvoju, pa još nisu uspjele osvojiti velik areal. Nalaze se osobito među svojtama polimorfnih rodova (Centaurea, Gentiana, Hieracium, Leucanthemum, Saxifraga i dr.). Najviše endema imaju ekološki izolirana područja, kao što su vrhovi planina te otoci udaljeni od kopna; npr. otok Sv. Helena ima oko 85% endemičnih biljnih svojta, Havaji 80%, Novi Zeland 72%, Madagaskar 65%, Galapagos 52% i Kanarski otoci oko 36% endema. Jugoistočna Europa također obiluje endemima, pa je npr. u Grčkoj svaka peta biljna svojta endemična. I Hrvatska, premda ne tako bogata biljnim endemima (računa se više od 100 svojta), ubraja se u veoma važna područja Europe. Najpoznatiji je naš endem monotipski rod degenija, s jedinom vrstom velebitskom degenijom, a zatim slijede po nekoliko vrsta rodova: zvonce (Edraianthus), zvončić (Campanula), karanfil (Dianthus), prženica (Knautia), perunika (Iris) i dr., zatim velebitska djetelina, divlji lučac, kvarnerska slezenica, hrvatska parežuha, biokovska visika, dalmatinski crni bor, brusnička mrižica i dr. – U životinjskome svijetu fauna otočja Galapagos, zbog endemičnih vrsta, jedna je od najznačajnijih na Zemlji. Poznate su goleme kornjače, morski legvani (iguane) kao i endemične svojte ptica, kukaca, pauka i kopnenih puževa. Po bogatstvu reliktnih endema ističe se fauna Bajkalskoga jezera, u kojem, npr., od 34 roda rakušaca 31 rod pripada endemima; mnogobrojne su u tome jezeru endemske ribe (peševi, golomjanka), puzavice, maločetinaši i dr. Starim, reliktnim endemima bogato je i Ohridsko jezero, s poznatom endemskom salmonidskom i drugom faunom iz predglacijalnoga doba. To su npr. ohridske pastrve: letnica i belvica.
Geološka povijest, geografski položaj i geomorfološke osobitosti uzrok su što Hrvatska ima u europskim razmjerima velik broj životinjskih endema, ali zbog male ukupne površine i izdužena oblika Hrvatske mnogi stenoendemi nisu isključivo hrvatski nego pripadaju i faunama susjednih država, npr. Slovenije i Bosne i Hercegovine. U Hrvatskoj je endemima osobito bogato krško podzemlje Dinarida, koje prema sadašnjim spoznajama ima najbogatiju podzemnu faunu na svijetu. U špiljama i jamama Hrvatske najviše endema ima među vodenim puževima, rakušcima, baburama, lažištipavcima, paucima, stonogama i tvrdokrilcima. Među njima su i istaknuti paleoendemi poput zagonetnoga špiljskog žarnjaka, podzemnog cjevaša i školjkaša podzemne kongerije, kao i u svijetu poznate čovječje ribice. U okolici Tounja živi i jedina dosad u svijetu poznata podzemna spužva. Uz podzemne prostore dijelom su vezani i endemi krških voda ponornica, ribe iz skupine pijora ili gaovica, primjerice svjetlica, krbavski pijor, lički pijor i imotska gaovica. Te su ribe vezane za krške izvore, preko kojih se redovito spuštaju u podzemlje. Krške podzemne vode i krški izvori u svj. su razmjerima osobito bogati endemičnim puževima, a u nekima živi istodobno i više od deset različitih vrsta.
U rijekama i jezerima uzduž jadranske obale živi velik broj endemičnih riba, tako da ukupna riblja fauna kopnenih voda Hrvatske, nakon Turske, ima u šire shvaćenoj Europi najveći broj vrsta. Među endemičnim ribama ističu se paleoendem mekousna pastrva, zrmanjski klen, ilirski klen, sval, oštrulja i hrvatski glavočić. U Matici kraj Vrgorca i u Neretvi nedavno je pronađena i lombardijska paklara, endemična kružnousta iz porječja rijeke Po, koja dokazuje prastare zajedničke veze rijeka koje utječu u Jadran. Endemima je bogata i kopnena fauna krških planina, poglavito Učke i Ćićarije, Velebita, Velike i Male Kapele, Plješivice, Dinare, Mosora, Biokova i Sniježnice. Najviše ih je u šumama, na siparima i stijenama, ugl. među kopnenim puževima, stonogama i tvrdokrilcima. Kao paleoendemi ističu se dinarski voluhar te velebitska gušterica i mosorska gušterica. Neki planinski vrhovi, ali i mikroklimatski izdvojena staništa u dolinama rijeka, imaju neoendeme među danjim leptirima iz skupine crnih okača, npr. kupski crni okač, klekovski crni okač i velebitski crni okač. Endemima su bogati i jadranski otoci, naročito Mljet, Lastovo, Sušac, palagruško i viško otočje, ali i veliki otoci poput Korčule, Brača, Paga, Krka i Cresa. Neki endemi karakteristični su za pojedine otočne skupine, poput viške krške gušterice ili sušačke primorske gušterice, a drugi samo za pojedine otoke, kao primjerice mljetski puž ili creski špiljski tvrdokrilac. Endema je u moru daleko manje, a oni rijetki vezani su samo za dio obale kao glavočić od grote.
Malobrojni endemi Panonskoga dijela Hrvatske vezani su uglavnom za Dravu, Savu i Kupu (mladica, neke vrste riba balavaca i dr.) te za izolirane planine poput Medvednice, Kalnika i Papuka. Značajni su i endemi termalnih vrela, poput račića Sutinskih vrela, ali i rakušci talnih voda močvarnih šuma Podravine i Posavine. Najznačajniji su endemi vodenih međuprostora (intersticije) šljunkovitih naslaga riječnih dolina, a to su uglavnom vodenbabure, ljuskari i rakušci. Među njima treba istaknuti paleoendemičnoga puža koji ima kućicu bez zavoja, a od kojega je zasad nađena samo jedna živa jedinka u podzemnome vodenom međuprostoru kraj Sračinca, nedaleko od Varaždina.
Endemi su biološka osobitost Hrvatske i njezinih geografskih cjelina, pa njihovoj zaštiti treba ubuduće posvetiti veću pozornost kako se ne bi dogodili slučajevi poput uništenja faune zagađenjem podzemnoga sustava ponora Đula i špilje Medvedice ispod grada Ogulina, kojih je endemična fauna bila među deset najbogatijih fauna podzemnih ekosustava na svijetu.